Le Marathon est une discipline cousine de la Course en Ligne mais les distances sont plus élevées : entre 12 et 35 km en fonction de la catégorie et du sexe. Les compétiteurs partent sur la même ligne de départ pour plusieurs tours d'un circuit déterminé. Entre chaque tour, le compétiteur quitte son embarcation, court sur quelques centaines de mètres en la portant puis embarque pour un autre tour de quelques kilomètres dans son bateau. Cela a pour but de permettre aux compétiteurs de se ravitailler car le marathon est un effort long.